技術專欄:XRD精修最強輔助之CMPR軟件介紹(二)
【引語】
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1 引言
游戲的勝利需要輔助,科研的順利進行也需要輔助。一個優秀的輔助可以使得我們事半功倍。當我們采用GSAS軟件進行XRD精修時,一個有力的輔助就是CMPR軟件(圖1)。它是美國國家標準與技術研究院中子研究中心的Brian H. Toby用Tck/Tk語言編寫的一個免費的處理粉末衍射數據的多功能軟件。它可以運行在Windows,Mac?OS,Linux以及Unix等多個平臺上。CMPR可以用來顯示衍射數據,轉換粉末衍射文件格式,進行手動/自動指標化,擬合峰形,轉出GASA結果以及其他工作。鑒于其簡單,易學以及實用的特點,本文就和大家一起來學習一下CMPR軟件。
圖1?CMPR軟件
2?安裝介紹
首先為大家介紹CMPR軟件的安裝過程,本文以Windows系統為例。
A?下載相應電腦系統的CMPR軟件安裝包,地址如圖2中的二維碼所示;
圖2 CMPR下載地址
B?選擇下載cmpr_win_static.zip文件;
圖3 選擇cmpr_win_static.zip文件下載
C?將壓縮包在任意磁盤下的任意位置解壓(該位置最好不要含有中文或者空格),雙擊StartCMPR.bat即可運行程序;
圖4?CMPR軟件的啟動圖標
?D?創建快捷方式并更改圖標:右擊StartCMPR.bat,選擇創建快捷方式,然后移動到桌面,右擊快捷方式選擇屬性并更改圖標,然后選擇解壓出來的文件中的cmpr.ico圖標文件就可得到如圖5(c)所示的快捷方式了。
圖5 創建快捷方式并更改圖標
3?軟件界面簡介
打開軟件后的界面如圖6所示,它可以分為兩個部分。一個是主程序窗口,用來進行控制和操作,一個是繪圖窗口,用來顯示衍射結果圖形。其中,主程序窗口主要由菜單欄和各個功能區構成,通過在各個功能區之間切換就可以實現各種不同的功能。
圖6 CMPR軟件界面
4?CMPR在XRD精修中的作用
4.1 轉換數據格式
CMPR幾乎可以讀取所有類型的XRD數據,并將其轉換為其他格式的數據,以便操作者使用,下面重點介紹一下將XRD衍射數據轉換為GSAS支持的“.gsas”文件的操作方法。
A?讀取數據。如圖7所示,第1步選擇讀取Read模塊,第2步是選擇文件類型,第3步是選擇所需文件,數據讀入后就會在繪圖窗口顯示處衍射圖。CMPR支持的文件類型如圖8所示。如果沒有你需要的類型,如圖9所示,只需要將你的XRD數據復制到一個空白txt文件里面(只復制2theta和intensity兩列),然后重命名為.dat文件,最后選擇讀取格式為XY data (ascii)即可順利讀取。
圖7?讀取數據模塊
圖8 CMPR支持的可以直接讀取的文件格式
圖9?將XRD數據復制到XXX.txt文件里面并命名為XXX.dat
B?轉換數據。如圖10所示,選擇Write選項卡,然后選擇文件,隨后第3步選擇文件格式為Simple gsas with esds (.gsas),然后選擇文件位置,最后點擊Write?Selected?Datasets,這時會彈出文件創建成功的對話框(如圖11)。可以看到,CMPR可以進行多種數據格式的轉換操作。
圖10 轉化數據格式
圖11 轉換完成對話框
4.2 轉換輸出GSAS精修結果
CMPR還可以用來讀取GSAS的.exp文件,并將精修數據輸出為可用Excel打開的.csv文件。主要操作過程如下所示。
A?如圖12所示,打開CMPR,讀取.exp文件;
圖12 讀取.exp文件
B?轉到Write功能,選擇某一個或者全部的文件(步驟2),然后選擇輸出文件格式為.csv(步驟3),選擇文件夾后點擊Write?Selected?Datasets即可輸出文件。
圖13 輸出精修結果
5?CMPR的其他功能
除了上面所介紹的功能,我們還可以利用其它功能選項卡來完成其它的工作,現對其中的一些功能進行簡要的介紹。
5.1 Plot繪圖功能
該功能主要用于查看導入的數據。通過Plot選項卡,可以將導入的數據進行繪圖,一般情況下,軟件會自動對最近導入的數據進行繪圖,如果需要選擇繪圖的數據,只需要在Plot選項卡下選擇所需繪圖數據,然后點擊Update?Plot即可在繪圖窗口查看圖形。在繪圖窗口上使用左鍵繪制矩形窗口即可實現放大,右擊即可恢復。此外,在英文輸入法的狀態下,按“L”即可顯示出數據讀取光標。
5.2 Rescale功能
在Rescale功能區可以控制X軸和Y軸的坐標單位,從而以不同的方式來顯示XRD數據。此外還可以進行放大以及偏移的調整。
圖14 Rescale功能
5.3 進行峰形參數的擬合
采用CMPR軟件中的Fit和FitWidths功能還可以進行峰形參數擬合,從而得到GSAS精修的初始U, V, W, LX和LY。
5.4 進行指標化工作
衍射線的指標化就是標定衍射線的指數。在Index選項卡可以進行指標化工作。它共包含3個自動指標化軟件:ITO,TREOR和DICVOL。它們可以用來進行查找單位晶胞并對衍射峰進行指標化。除了CMPR,也可以采用CRYSFIRE軟件來進行自動指標化工作。
如果大家使用了該軟件,請在工作中引用軟件制作者Brian Toby的文章:Toby, B. H. (2005). "CMPR - a powder diffraction toolkit," Journal of Applied Crystallography 38, 1040-1041,該軟件的作者人很好,大家有什么問題也可以通過郵件聯系他老人家(brian.toby@anl.gov)。
附:出于總結,交流,學習的目的,本文盡可能詳細的對CMPR軟件進行了介紹,希望能讓初學者盡快了解該軟件的使用,并希望熱心的學習者和廣大網友能夠進行分享傳遞。盡管本文作者已經盡心考究,但難免存在錯漏之處,歡迎大家指出交流,作者感激不盡。
—本文完—
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本文由材料人專欄作者王博雅供稿,編輯部編輯。
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