CALYPSO安裝方法解析

安裝步驟：

1、下載上傳Anaconda、CALYPSO，Example

2、安裝Anaconda（或安裝numpy）

3、安裝分析工具cak.py

4、編寫相關腳本

5、算例測試（輸入文件：input.dat, caly.pbs, calypso.x, submit.sh, INCAR_*, POTCAR）

1、下載上傳Anaconda、CALYPSO，Example

Anadonda下載地址：https://www.anaconda.com/distribution/#download-section?注意下載python2.7

CALYPSO注冊地址：http://www.calypso.cn/getting-calypso/（注冊后有個協議要簽字掃描后發回，才給開賬號）

CALYPSO和Example下載地址（需要注冊后獲得賬號密碼）：http://download.calypso.cn/

上傳可用sftp等工具（略，切勿在windows下解壓再上傳）

2、安裝Anaconda（或安裝numpy）

這一步安裝會把基本咱們要用的python庫文件都安上，這也是建議大家安裝的原因，以后安裝phonopy也就方便了，不用手動安裝那么多python庫了。（需要等待一段時間）

發現python已經指向了我的安裝目錄，那么成功了。

3、安裝分析工具cak.py

到相應的文件夾下去打開Makefile找到相應的這一行，修改為剛剛anaconda2文件夾下的python路勁，保存，退出，make

根據提示，把引號中的語句放到我家目錄下的.bashrc文件中

輸入vi ~/.bashrc，添加語句，保存并退出。

which?cak.py能夠正確找到它說明安裝成功。

4、編寫相關腳本

先找到提交VASP的腳本，例如vasp.pbs，內容解析如下（#PBS開頭的是調用資源行）：

按照vasp.pbs的內容，改完后的caly.pbs和submit.sh如下，用qsub caly.pbs提交任務。對比一下就清楚了。（calypso.x是串行程序，不要用mpirun去執行；局域優化軟件vasp需要用mpirun并行，主要加上killall?-9 vasp_std）

5、算例測試（輸入文件：input.dat, caly.pbs, calypso.x, submit.sh, INCAR_*, POTCAR）

解壓Examples.tar.gz?（用tar -zxvf?Examples.tar.gz）

去看例子里的README，看自己想要模擬那個體系，以二維材料結構預測為例

新的預測需要準備以下幾個文件：

caly.pbs和submit.sh，從原提交作業中的vasp.pbs中修改得來

calypso.x從解壓CALYPSO_x64.tar.gz中的bin文件夾用命令cp拷貝過來，主要不要拖到windows中解壓再上傳，會丟失文件權限。

INCAR_1 ?INCAR_2 ?INCAR_3 ?input.dat ?POTCAR ?從6_example拷貝過來，做適當修改。

準備好這幾個文件后，就可以用qsub?caly.pbs提交作業了。

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