CALYPSO常見報錯解析

程序的報錯信息尤為關鍵，是程序在臨別之際留給我們的關鍵錦囊。學會掌握捕捉程序有效的報錯信息，正確打開了這個錦囊，就能夠找到對應的解決辦法，離問題解決就不遠了。筆者根據近年來CALYPSO官方群里的眾多用戶提出的各種報錯，整理解決辦法如下：

1、如何編寫提交calypso的腳本。

先找到提交VASP的腳本，例如vasp.pbs，內容解析如下（#PBS開頭的是調用資源行）：

改完后的caly.pbs和submit.sh，用qsub caly.pbs提交任務。對比一下就清楚了。

2、calypso如何并行運算。

從問題一的腳本我們可以看出來calypso不用不必要也不能并行運算，任何寫mpirun?-np 8 calypso.x的寫法都是錯誤的。因為一方面代碼本身就是串行了，另一方面結構的產生和調用局域優化軟件時間本身就短，無需并行。那么所謂并行部分是指調用局域優化軟件時候，例如vasp，就必須在submit.sh用mpirun?-np 8 vasp_std實現并行了（局域優化最耗時）

結構搜索一代產生30個結構，一個一個算太慢，有沒有什么方法能夠同時優化這30個結構呢？實際上是有的，可以采取split模式，或者使用使用腳本caly_auto_split.py（需要在主節點交作業，慎用）

3、用top看服務器進程里突然出現了一萬條vasp_std進程怎么辦？

submit.sh中加killall -9 vasp_std

4、struct.dat讀出來的能量全部為612610609改怎么辦？或者cak.py處理結果為

INCAR_*中加PSTRESS參數（常壓可設置為0.001）

5、報錯信息如下：

不要貼出來，上帝都不知道（也可能是輸入文件input.dat書寫錯誤，程序要讀3×2的矩陣，你給它一個3×1的，就會報錯）

6、搜索過程中py文件，或者cake.py總是奇怪地報錯怎么辦？

檢查python版本是否低于3.0，需要3.0版本以上才能運行，建議安裝anaconda2

7、報錯信息如下

不建議對這個報錯發起提問，明顯是POTCAR的問題

8、報錯信息如下：

如果是pickup時候的報錯，建議pickstep減去1再交。如果不是，程序本身bug，無解，建議聯系開發組。

9、真空層優化沒了怎么辦？

改vasp源碼不優化z軸或加大真空層厚度

10、報錯信息如下：

縮減搜索體系或增加允許最大運算時間。（思考一下calypso為什么要設置一個局域優化軟件最大運行時間）

11、報錯信息如下：

NaN在程序里是代表無窮大或者無窮小的數，當前精度下無法正確顯示該數。請檢查輸入文件的值是否合理，輸出結構是否發散。

12、報錯信息如下：

error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory

是由于找不到mkl庫的原因，在caly.pbs中增加intel的mkl環境變量：

source /public1/software/intel2015/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64

即可，ldd?calypso.x能夠顯示動態關聯庫，一個庫都少了都不能運行：

13、報錯信息如下：

既然顯示過期，那么去下載最新版的calypso.x，重新放進去提交任務就好使了。

14、哪里關于calypso的資料最全最豐富？

calypso官方群文件（群號：96259578）

15、calypso是否開源免費？

學術免費（獲取地址http://www.calypso.cn/getting-calypso/），4.0版本以后不開源。

16、報錯信息為-bash: ./calypso.x: Permission denied

檢查calypso.x是否有可執行權限，確認自己是否有執行它的權限。（勿在windows下解壓后再上傳，會丟失可執行文件權限）

結構搜索被廣泛應用于零維，二維，三維材料的結構設計，其對探索材料的微觀結構有重要意義。結構搜索基本思路是選定搜索對象，按照特定組分比例進行結構搜索，挖掘其中性能良好的材料結構，評估這些結構的穩定性及合成的可能性，從而達到驗證實現現象，預測新材料結構的目的。為了幫助大家了解掌握二維材料結構搜索方法，如何對二維材料體系選題，材料人于8月3日舉辦該主題研討會，涵蓋100頁ppt內容以及6小時左右的在線講解，并贈送相關文字學習資料。

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