學術干貨|化工材料學子基礎入門必備–ChemDraw的使用方法(后附彩蛋呦)


ChemDraw?是一款學化學的人基本都知曉的畫結構式的軟件,現已更名為ChemBioDraw

這是一款對于我們研究化學的人來說不可缺少的軟件之一,但是能夠完整使用它所有功能的人,我想應該很少吧?當然,筆者也是其中之一。

所以,也為了自我學習,就寫了一下這篇文章。當然,這篇文章可能無法完全涵蓋chemdraw所有的功能,這點也請大家見諒(^_^)。

前言

有了ChemDraw,我們就能準確的畫出標題圖這么好看的結構式。但是chemdraw不是免費使用的,要買正規版還是需要花點錢。雖然在中國,大家都用破解版,筆者在這里還是推薦大家尊重知識產權,能夠盡量花錢買正版。如果你只是一個大學生,為了寫一下作業的話,有兩款免費的軟件推薦,它們是MarvinSketchChemSketch當然,如果是專門的研究人員,或者碩士博士的話,還是建議買一個完整版。

筆者現在用的是ver.15,本文主要以這款進行說明探討如果僅僅是畫一些結構式的話,版本的更新之間的差異不是特別大。

接下來在這里主要介紹一些使用頻率比較高的菜單。

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FILE 菜單

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File菜單打開的話,除了保存等功能以外,也可以對頁面進行一些設定。
Open Style Sheets : 因為默認的樣式表畫出來的結構式并不是很漂亮,所以首先選擇你想投的雜志所對應的結構式。初學者的話一般推薦ACS格式。具體的在后面會介紹

Document Setting :可以進行包括結構式的各種樣式的設定。

→Layout : 在布局方面,經常在畫到一半的時候,頁面空余不夠了。這個時候我們就可以點擊Document Size→Height?Width把操作頁面擴展后,確保有足夠的空間供我們作圖。

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→Drawing : 在真正畫圖的時候經常需要調整的地方我想應該是化學鍵的長寬間距等等(Bonds), 下圖給出了可以更改的具體的一些項目以及其代表的含義。

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→Text Caption、Atom Labels : 該選項用于更改字體的大小。圖通的文本設置在Caption里,原子大小設定請用Label選項。

→Colors : 當然背景色跟圖的顏色肯定也是可以修改的,但是筆者建議白黑搭配顯得更加清晰簡潔,當然各有所好。

Apply Document Setting From : 如果你想使用其他的樣式設定的時候所使用的選項。 點開選擇最上方的other選項的話,可以選擇你自己以前設定使用過的樣式。這樣一來,就可以方便的把用于powerpoint、poster、word各種文件的區分開來,是特別簡便的一項功能。

① ?EDIT 菜單

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該菜單主要用于復制、修改與一些圖片等等的插入。當然其中還涵蓋了ChemDraw自帶的一些功能。

Copy as : 把分子結構式轉換成SMILE文字序列或者SLN文字(下圖所示)序列,可以把這些文字復制到剪貼板用于復制粘貼。

Paste Special : 與Copy as相反、把文字列轉換成分子結構式。

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Insert File:用于插入外部的一些圖像文件,是十分有用的一個選項。

② ?VIEWS 菜單

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用于切換各種工具窗口的開/關。

Show Crosshair & Rulers : 顯示十字線、標尺。主要便于調整化合物的位置。

Show Main、General、Style Toolbar : 這三項在畫結構式的時候很有用,一般都需要點開顯示出來。

Show Analysis、Chemical Properties : 當畫完化學結構時候,用于預測化學物理性質等數據(分子mol量,分子質量分布,沸點等等)。該選項一般是必用項目。

Show Character Map : 當需要使用希臘字母等特殊文字的時候使用的選項。當然Symbol字體也可以代用,但是在這里點開的話更加一覽無余,更方便查找插入。

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Show Chemical Warnings : 在畫結構式時可以檢查出你的原子價態是否出現問題,一旦出現問題,它會自動以紅色標出提醒。

Actual Size, Fit to Window, Magnify, Reduce : 調整畫面表示的倍率。 Actual Size表示100%的倍率。Fit to Window就如字面意思一樣,調整到契合窗口大小。Magnify是擴大。Reduce就是縮小的意思。

③ ?OBJECT 菜單

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該菜單用于多個化合物之間的位置關系的調整,以及化合物的一些修飾美化等。

Fixed Lengths & Angles : 指定并且統一化合物鍵的線長,以及結合角度。基本上都是默認的已選項目,不需要刻意去選擇好。

Show Stereochemistry : 顯示表示立體化學的參數(R, S, E, Z)。可以根據個人喜好設定。

Align, Distribute : 對所畫的多個化學結構式,反應式進行排列、對齊。該選項尤其在做成TableScheme的時候特別有用。

Add Frames : 在圖上添加各種框架。

Group, Ungroup : 把多個對象化合物編成一個group,也就是把自己指定的化合物全選的功能。Ungroup相對的就是解除全選。

Join : 選定兩個化合物各自的一個化學鍵,使這兩個化學鍵自動成鍵的功能。

Bring to Front, Send to Back : 調整兩個重疊的化合物之間的前后關系的功能。一個個通過菜單來設定的話挺麻煩的,請記住他們的快捷鍵(Windows的話是F2, F3),這樣效率就會大大提高。

Frip, Rotate, Scale : 依次是圖形的反轉,反轉與擴大縮小。Horizontal表示左右方向的、Vertical表示上下方向的。這是一個十分有用的功能。

④?STRUCTURE 菜單

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針對畫好的結構式為對象的一些操作。

Check Structure : 檢查所畫分子是否正確。

Clean Up Structure : 以Document Settings Drawing指定的鍵長,結合角度等為基準自動幫你調整。其中有時只調整分子中的一些基團。

Expand Label :把縮寫的取代基以完整的結構表示出來。

Contract Label : 與Expand Label相反、將一些基團轉換成其縮寫模式。

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Add Multi-Center Attachment : 用于表示部分結構式交疊共軛時的結構。
Add Variable Attachment : 這個選項用來表示擁有多個同分異構體的化學結構,

Predict 1H-NMR Shifts, 13C-NMR Shifts : 預測所畫化學結構式的氫譜跟碳譜。

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Convert Name to Structure, Convert Structure to Name : 由化學名自動給出相應化學結構,或者已知化學結構自動給出其命名。

以上就是chemdraw的一些基本用法,更加高階的用法及介紹我們會在以后慢慢介紹。今天就先到這里嘍~

說好的彩蛋必定雙手奉上哈~~

ChemDraw漢化版已由網友上傳到材料人論壇,點我跳轉

本文由材料人編輯部學術干貨組 大宋 供稿,材料牛編輯整理。

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